Die Chakras sind recht komplex. Sie sind die Bewusstseinszentren (chaitanyasthäna) und bestehen aus dem Subtil-Körper (kärana-sharira), sie drehen sich wie ein Rad oder Kreis, durch den die von Präna-Väyu geweckte Kundalini aufsteigt. Im Körperinneren, und zwar entlang der Wirbelsäule (merudana), liegen die sechs Chakras und sie gelten als Einflusszone von Shakti. Das an der höchsten Stelle des Kopfes liegende Sahasrärä-Chakra gilt als Gegenwartsebene von Shiva (siehe: Baräha-Up., Kap. V).
Die Chakras sind in aufsteigender Bedeutung angeordnet. Das niedrigste Chakra im Körper des Menschen ist Mula-dharä, auch als Ksiti bezeichnet oder als erdig. Sowohl Mula-dhära als auch die vier darüber liegenden Chakras, also Svadhistäna, Manipura, Anähata und Vishuddha gelten als grobstofflich im Aggregatzustand. Anähata impliziert Lichterscheinungen und Vishuddha fesselt exklusive in spiritueller Unterhaltung. Das sechste Chakra ist Ajnä, das Geisteszentrum. Es ermöglicht die Wahrnehmung Gottes. Das siebte Chakra, Sahasrärä, ist der Kulminationspunkt (unitas cum divinus).
Den Chakras ist jeweils eine Lotusblüte zugeordnet, jeder Lotus eines höheren Chakras trägt zwei oder vier Blütenblätter mehr als der Lotus des jeweils niedrigeren Chakras. Die Blätter neigen sich nach unten, tragen spezifische Buchstaben (akkhara) des Mantra-Deva/Devi. Außerdem sind die Lotusblüten farbig und erzeugen sehr subtile Klang-Schwingungen.
Die Chakras – in aufsteigender Richtung vom tiefsten Punkt des Abdomens betrachtet – sind:
- Muladhärä
- Svadhistäna
- Manipurä
- Anähata
- Vishudda
- Ajnä
- und als Krönung Sahasrärä.